En los tiempos modernos se ha usado también como un modo de definir diferencias culturales e históricas entre combatientes, sin que sea la religión necesariamente la causa principal.
En el cristianismo, el concepto de guerra santa puede rastrearse a través de la formulación del concepto o doctrina de la guerra justa por Agustín de Hipona en su célebre obra "Civitate Dei", que es continuada por otros autores a lo largo de la Edad Media, como Tomás de Aquino.
Se ha utilizado la idea de «guerra santa» en épocas diversas y en numerosos conflictos, religiosos o no, normalmente para legitimar intereses geopolíticos o económicos. Son ejemplos clásicos de guerra santa las cruzadas o las guerras católicas contra las consideradas herejías (cátaros, protestantes, etc.).
